En 1771, le grand naturaliste suédois Carl von Linné a classé le ginkgo dans sa nomenclature binomale, toujours en vigueur. Il lui a attribué l’épithète spécifique de biloba en raison de la forme particulière de ses feuilles, partagées en deux lobes, sans nervure centrale. Son nom scientifique complet est donc Ginkgo biloba L. (L pour Linné).
En réalité, les feuilles d’un même ginkgo sont loin d’être toutes bilobées. Certaines ont la forme élégante d’un éventail, d’autres comportent une ou plusieurs échancrures.